A seguito del sisma dell’Emilia del maggio 2012 si è avviato l’intervento di restauro e di completa riabilitazione della Basilica Collegiata di San Biagio, che si è esteso alle nuove dotazioni pavimentali e impiantistiche. Il nuovo pavimento deriva le proprie caratteristiche costitutive da quelle dello spazio settecentesco della chiesa, cercando non solo di integrarvisi, ma inoltre di accrescerne la leggibilità e svelarne la relazione fra le componenti: il disegno pavimentale risulta unitario, anche nelle navate laterali; la pietra naturale dialoga con l’architettura storica nel rispetto delle simbologie bibliche; le arenarie dure interpretano a terra le tinte omogenee degli elevati; le membrature verticali sono state visivamente collegate al piano pavimentale, offrendo esse stesse pretesto per dividere la chiesa in fasce parallele, in cui lastre di differenti dimensioni sono alternate secondo un gradiente incrementale per suggerire l’avvicinamento all’altare maggiore attraverso la riduzione di componente cromatica; la scelta dei colori è in accordo con le superfici dipinte e le cromie esistenti; lungo il percorso centrale le lastre sono sfalsate in direzione dell’altare, proponendo maggiori quantità di bianco ed  alloggiando simbolici inserti lapidei al centro; essi a terra connettono il calpestio con le superfici dipinte in quota, e portano in superficie inoltre gli esiti degli scavi archeologici eseguiti durante i lavori. L’aula della chiesa è pensata come da fruire dinamicamente, in cui scoprire passato e nuove dotazioni muovendosi all’interno. Il risultato complessivo è la sovrapposizione di tutti questi diversi livelli interpretativi.

Le prime fasi di intervento pavimentale hanno portato alla luce, durante gli scavi, alcune tracce del passato dell'intero complesso architettonico; il cantiere ha dunque compreso alcune mirate campagne archeologiche da cui sono emerse numerose camere mortuarie, sepolture diverse, membrature murarie del probabile campanile originario e di precedenti assetti dell'estremità absidale della Basilica. Il nuovo disegno pavimentale ha assorbito questi dati. 

Molto prima del cantiere la fase progettuale ha dovuto interrogarsi sulle scelte cromatiche interne alla chiesa. Infatti il passato aveva consegnato un'aula ingrigita dal tempo e in cui diverse tinteggiature sovrapposte avevano caratterizzato le membrature murarie e le volte con tonalità totalmente neutre rispetto alle fasi originarie del complesso. Le indagini stratigrafiche eseguite hanno infatti portato alla luce cromie originarie tipiche del periodo settecentesco, fase in cui la Basilica è stata sostanzialmente ricostruita, pur organizzate in modo non omogeneo all'interno delle differenti porzioni della chiesa. Inoltre gli interventi decorativi di fine '800 avevano fortemente caratterizzato la metà della chiesa costituita da transetto e abside con opere pittoriche molto estese e dalle cromie decisamente riconoscibili. Le nuove tinteggiature dell'aula hanno puntato a eliminare la dicotomia fra le due parti che si sono così venute storicamente a creare per l'unica chiesa, scegliendo nella tavolozza cromatica del '700 e negli esiti delle stratigrafie compiute quelle colorazioni che potessero allinearsi ai decori pittorici absidali. Tale scelta volta all'unitarietà visiva dello spazio ha determinato le successive valutazioni sulle essenze lapidee del nuovo calpestio.

Pur sempre e costantemente nel pensiero dei parroci, le manutenzioni, i restauri, gli interventi anche ingenti normalmente pianificati per la conservazione della Basilica hanno subito ovvia accelerazione a causa del sisma del maggio 2012. L'urgenza e la necessità strutturali si sono imposte rispetto a qualunque programmazione possibile di interventi altri; i restauri e le nuove dotazioni impiantistiche e pavimentali si sono potuti eseguire solo in seguito e concordemente alla fondamentale progettazione ed esecuzione di riparazioni e consolidamenti alle membrature portanti dell'intero complesso. I principali interventi strutturali e gli adeguamenti impiantistici sono stati progettati in modo da risultare il più possibile nascosti alla vista: si sono sfruttati per questo specialmente gli spazi di sottotetto e gli scavi sotto pavimento, oltre alle opportunità concesse dagli spessori sottili degli intonaci.

Si è occupato del progetto delle strutture l’ing. Alessandro Strozzi con la collaborazione degli ingg. Valentina Anselmi e Giulio Graldi, si è occupato del progetto degli impianti termoidraulici il p.i. Valerio Giusti, di quelli elettrici e di illuminazione il p.i. Maurizio Govoni, si è occupato del coordinamento per la sicurezza l’arch. Luca Farinelli, del collaudo delle strutture l’ing. Andrea Giannantoni. Nel corso degli anni per parte architettonica hanno costantemente contribuito gli architetti Gaia Govoni e Federica Corticelli per le fasi di progetto e di esecuzione, Ilaria Balboni, Debora Giacomelli, Marco Lomartire, Michele Marchi, Federica Poini per approfondimenti su temi specifici. Ci si è avvalsi inoltre di consulenze specialistiche per alcuni sondaggi, per parte dei rilievi geometrici e per le indagini ai fini restaurativi.